Hierbei wird die Rohmilch nicht höher als 40 °C bzw. die thermisierte Milch nicht über 68 °C für maximal 30 Sekunden erwärmt. Da unter diesen Bedingungen nur eine geringe Keimabtötung stattfindet, ist der Verzehr von Rohmilchkäse mit einem gewissen Risiko behaftet. So werden regelmäßig die Keime Escherichia coli, Listerien und Staphylococcus aureus in Rohmilchkäse nachgewiesen.
Escherichia coli ist Bestandteil der normalen Darmflora und kann beispielsweise durch mangelnde Melkhygiene in die Milch gelangen. Weiterhin ist dieser Keim als Auslöser von Euterentzündungen bekannt. Escherichia coli sind gramnegative Bakterien, die die Fähigkeit zur Toxinbildung besitzen. Führen diese toxinbildenden Keime zu Gesundheitsschädigung beim Menschen, dann werden sie als enterohämorrhagische Escherichia coli (EHEC) bezeichnet.
Eine Infektion mit EHEC führt insbesondere bei Risikogruppen, wie Säuglingen, Kleinkindern, alten Menschen und Immunsupprimierten zu wässrigen bis wässrig-blutigen Durchfällen begleitet von Übelkeit, Erbrechen und Bauchschmerzen. Zwei schwere Komplikationen können auftreten. Beim hämolytisch-urämischen Syndrom (HUS) kommt es zu einer hämolytischen Anämie, zu Nierenversagen und zu thrombotischer Mikroangiopathie. Bei der thrombotisch-thrombozytopenischen Purpura (TTP) treten Thrombozytopenie, Hautblutungen, hämolytische Anämie und neurologische Veränderungen auf.
Listerien sind Bakterien, die überall in der Umwelt vorkommen können. Insbesondere bei einer fehlerhaften Herstellung von Silage, einem Futtermittel, können sie sich vermehren. Das Besondere an Listerien ist, dass sie sich auch bei Kühlschranktemperaturen und in Vakuumpackungen vermehren können. Für den Menschen krankmachend ist die Spezies Listeria monocytogenes, die vor allem bei alten Menschen und Säuglingen neben Fieber, Kopfschmerzen, Übelkeit und Gelenk- und Muskelschmerzen auch zu einer Meningoenzephalitis führen kann. Weiterhin besonders gefährdet sind Schwangere, da eine Infektion mit Listeria monocytogenes zum Abort oder zur Schädigung des Ungeborenen führt.
Staphylococcus aureus ist ebenfalls ein überall verbreiteter Keim, der auch Euterentzündungen verursachen kann. Bedeutsam ist, dass einige Staphylococcus-aureus-Stämme Toxine bilden, die zu Erbrechen, Durchfall, Übelkeit, Darmkrämpfen und Kreislaufbeschwerden führen.
Neben den genannten Keimen ist das Auftreten von Salmonellen in Rohmilchkäse möglich. Bei den Salmonellen gibt es mehr als 2000 Arten, die sich durch ihre Oberflächenstruktur unterscheiden lassen. Bei einer Erkrankung durch Salmonellen treten schwere Durchfälle, Erbrechen und Fieber auf. Bei alten und resistenzgeschwächten Personen können sich Komplikationen aus der Belastung des Herzens und des Kreislaufs ergeben. Bei Säuglingen kann es zur Ausbreitung der Salmonellen im Körper kommen, einer Sepsis und einer Hirnhautentzündung (Meningitis).

2004 wurden 39 Proben Weichkäse aus Rohmilch am CVUA Karlsruhe untersucht. Die Ergebnisse der Untersuchungen sind im beigefügten Diagramm aufgeführt. Dabei war die Mehrzahl der Proben mikrobiologisch nicht zu beanstanden. Jedoch wurden mehrfach Escherichia coli, Listerien und Staphylococcus aureus nachgewiesen. Salmonellen waren in keiner Probe vorhanden.
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